In der Werft entsteht der Stolz jeder Flotte. Vom schweren Transporter, über den schnellen Abfangjäger bis zur geballten Feuerkraft eines Bombers. Jedes Schiff erfüllt seinen speziellen Zweck, mehr dazu in den Schiffsbeschreibungen. Welche
Gebäude und
Forschungen nötig sind bzw. fehlen, um ein bestimmtes Schiff zu bauen, ist in roter Schrift angegeben.
Schiffe sind ein sehr wichtiges Element von Aquaphobia und egal welche Enttäuschungen Sie hinnehmen mussten, geben Sie nicht auf und bauen Sie sich wieder auf. Es kann jedoch immer nur ein Schiff gleichzeitig gebaut werden und es gibt keine Produktionsschleife.